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色譜儀如果出現色譜柱的保留時間改變，那么就需要考慮液相色譜是否有損壞。

保留時間變化有兩種情況：第一種是同一根柱樣品間的保留變化;第二種是不同柱之間的保留變化。第二種類型主要是填料的差異造成的，許多實驗室都會碰到。

不同牌號的液相色譜儀色譜柱分離的色譜峰包里時間可能在一定范圍內移動，但通常峰的順序和分辨率不變，可通過調整流速或溶劑強度進行校正，如果譜圖中色譜峰順序發生了變化，或者兩峰重疊在一起，問題就比較嚴重，最好更換原來品牌的色譜柱。

保留時間發生大的變化，主要由柱填料硅醇基相互作用或者比表面積、碳含量差異較大所致，另外有次級保留因素的影響。硅膠為基質的填料表面含有硅醇，有的封尾填料可去掉硅醇，不封尾填料的硅膠表面硅醇基更多。酸性或堿性分子可與硅醇基發生不同程度的相互作用。

硅醇基與樣品分子作用的強弱，因不同批號的硅膠和不鍵合相填料而異。即使同批號的硅膠而不同批號的鍵合相也有差異。硅醇基對陽離子或堿性樣品影響最大。