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液相色譜儀分析中長時間連續地使用柱，填料的組分會發生變化。強滯留組分可能被永久性地“鍵合”于填料上，或者填料表面發生化學附著，鍵合相可能被部分地去掉，引起保留的變化。

污染物的吸附

填料表面積累性地吸附樣品中強保留組分，使填料表面阻塞，所有組分保留減少，塔板數下降，可以看到柱頭填料變色或稍有損失。可用兩種處置方法：1用保護柱;2用強留東西沖洗去掉臟污。用反沖的方法更有效，讓柱放空而不通過檢測池。

鍵合相損失

在使用液相色譜儀柱過程中，鍵合相的有機層會慢慢損失。應避免使用極端的pH值。水和甲醇似乎加速了這種進程，因而反相柱鍵合相的損失是一個特殊問題。

用硅膠保護柱可減慢鍵合相的損失，盡管有些不方便，但仍有人首選使用。也有人采用在線重新鍵合有機相方法，但程序比較麻煩，花時間太多，而且也不一定能恢復到原來柱的性能。

柱過載和介質效應

柱過載，一般情況是峰拖尾，保留時間減小，高濃度樣品更嚴重。減少進樣量常客服。樣品的組成有下列情況也可使柱過載，這就是介質效應。