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環境是影響高效液相色譜儀穩定性的主要因素之一。因此，使用者必須注意儀器使用時的環境條件。

要注意防止干擾

要注意防止電、磁場的干擾。電、磁場的干擾是影響高效液相色譜儀穩定性的重要因素。一般來講，安防高效液相色譜儀的房間，應該遠離電場、磁場干擾。

要注意防濕防潮

高效液相色譜儀是光、機、電、計算機四位一體的、技術密集的高科技產品，它的每一個部分都不允許受潮。否則，將會使有關的元器件損壞或性能變壞，影響儀器的穩定性。

要注意防止灰塵玷污光學元件

高效液相色譜儀很多檢測器都是屬于光學類的分析儀器，這些光學元件很容易受到灰塵玷污，光學元件一旦被玷污，就會引起很多麻煩。與光學元件受潮后效果一樣，主要是使光學元件的反射率降低，從而影響高效液相色譜儀的靈敏度。另外，還會使得雜散光增大，噪聲增大，減低檢測器的靈敏度，使得分析測試的誤差增大。因此，安放高效液相色譜儀的房間要干凈、通風、防塵，同時還要注意防止震動。