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原因一：篩板堵塞

液相色譜柱入口篩板堵塞是最常見的問題之一，會導致柱壓升高、色譜峰拖尾、塔板數降低等問題。通常分析樣品中微粒雜質最右可能堵塞色譜柱入口，因此分析時，需要先過濾或者離心，乳濁或渾濁樣品應以0.25μm濾膜處理，也可用針頭過濾器過濾。進樣器與泵密封墊的磨損也會帶入微粒，在進樣閥與色譜柱之間使用0.25μm或0.45μm的在線過濾器，通常可以避免這類問題。

原因二：強保留樣品組分

強吸附性的樣品組分吸附在柱頭填料上，能嚴重地影響色譜柱壽命。像生物組織或體液的提取物、天然產物等復雜樣品，極易造成柱頭的污染。相對較純的樣品，一般不會出現這一問題。液相色譜柱應用中，色譜峰嚴重拖尾或分裂往往是強保留污染物在柱頭吸附的體現。

原因三：色譜柱裝填不良

裝填不良的液相色譜柱，在短時間應用后，填充床的壓縮通常使柱頭處產生塌陷，導致柱效突然降低。色譜柱的初始評價指標，如塔板數、不對稱因子等往往不能很好地表征色譜柱床層的穩定性，這種情緒只能在實際應用中發現。

原因四：壓力因素

液相色譜儀色譜柱使用過程中的驟然壓力波動、機械撞擊或溫度驟然變化都會對色譜柱床層產生影響，導致峰形變差和柱效降低。進樣過程中，進樣閥轉動太慢可引起壓力波動，使色譜柱床產生裂隙，在柱切換時也存在同樣的問題。使用填充良好的色譜柱，在較低柱壓下操作，可大大減少由壓力波動造成的色譜柱損壞。